Microbioma e sistemas alimentares

Investigar o microbioma como sistema, não como compartimentos isolados

O tópico HORIZON-CL6-2026-02-FARM2FORK-11 surge no Programa de Trabalho Horizon Europe 2026-2027 do Cluster 6 (Food, Bioeconomy, Natural Resources, Agriculture and Environment) com um objetivo editorial claro: tratar o microbioma como uma camada transversal a toda a cadeia alimentar e não como um conjunto de áreas científicas separadas (microbioma do solo, do intestino animal, do intestino humano, dos alimentos fermentados).

A premissa subjacente é que as interações microbianas ao longo do contínuo solo-planta-animal-humano determinam, em conjunto, a resiliência, competitividade e sustentabilidade dos sistemas alimentares europeus. A Comissão pretende financiar dois projetos de larga escala que adotem essa visão holística através de multi-omics, modelos de comunidades microbianas, infraestruturas de investigação europeias e protocolos padronizados.

A oportunidade em números

A abertura do call ocorreu a 14 de janeiro de 2026 e o prazo limite para submissão é 14 de abril de 2026. Trata-se de uma Research and Innovation Action (RIA), regime que financia 100% dos custos diretos elegíveis, acrescido de uma taxa fixa de 25% sobre custos indiretos.

O que o consórcio tem de cobrir

O âmbito vai além da caracterização descritiva de microbiomas isolados. A Comissão exige um desenho experimental que articule várias dimensões em simultâneo:

• Multi-omics integradas: metagenómica, metatranscriptómica, metabolómica e proteómica aplicadas em paralelo para capturar função, não apenas composição.
• Estudos longitudinais de campo: séries temporais reais (não apenas amostragens pontuais) que permitam caracterizar dinâmica e resposta a perturbações.
• Modelação ao nível de sistema: modelos computacionais que liguem comunidades microbianas a respostas do hospedeiro, dieta e ambiente.
• Abordagem One Health: articular saúde do solo, das plantas, dos animais e humana como um continuum, não como silos disciplinares.
• Protocolos padronizados e dados FAIR: articulação com infraestruturas de investigação europeias (ELIXIR, EMBRC, MIRRI), produção de cepas de referência, controlo de qualidade.

O que conta como sucesso para a Comissão

Os expected outcomes publicados focam três entregáveis estruturais:

1. Compreensão sistémica: melhor entendimento, com base One Health, das interações funcionais dos microbiomas entre diferentes hospedeiros (plantas, humanos, animais), ambientes (água, matrizes alimentares) e ecossistemas interligados.
2. Soluções aplicáveis: identificação de soluções práticas e escaláveis para sistemas alimentares mais resilientes, competitivos e sustentáveis.
3. Recursos comuns para a comunidade: ativos de dados partilhados, cepas de referência, modelos validados, protocolos quantitativos, todos passíveis de reutilização por terceiros.

O peso atribuído aos "recursos comuns" é deliberado. A Comissão quer evitar que os 11 milhões financiem apenas publicações académicas. Espera ativos reutilizáveis pela comunidade científica e industrial europeia.

Perfil do consórcio

Sendo uma RIA Horizon Europe, aplicam-se as regras gerais de elegibilidade: consórcio com pelo menos três entidades legais independentes, estabelecidas em três Estados-Membros ou países associados diferentes (sendo pelo menos uma de um Estado-Membro). Na prática, projetos com este orçamento e ambição reúnem 12 a 20 parceiros.

A composição típica desejada inclui:

• Universidades e institutos de investigação com massa crítica em microbiologia, bioinformática e ciências dos alimentos
• Infraestruturas de investigação europeias relevantes (ELIXIR, EMBRC, MIRRI, METROFOOD-RI)
• PME e startups da área agroalimentar, biotecnologia, foodtech, agritech
• Empresas agroalimentares estabelecidas (produção, transformação, retalho)
• Autoridades públicas, agências de saúde alimentar, organizações da sociedade civil

A Comissão sublinha o "multi-actor approach": envolvimento precoce de utilizadores finais, não apenas como observadores. Propostas com a indústria e autoridades reduzidas a cartas de apoio terão dificuldade.

Como se constrói o budget de €5–6M

O orçamento médio por projeto (€5,5M) traduz-se em projetos de 4 a 5 anos com um pessoal investigador equivalente a 35-50 FTE acumulados ao longo do projeto. A distribuição-tipo:

Como entrar como entidade portuguesa

A janela para liderar uma proposta deste tópico já está apertada: a deadline é 14 de abril de 2026. Para entidades portuguesas a iniciar contacto agora, a estratégia realista é entrar como parceiro em consórcios já formados, aproveitando duas categorias de oportunidade:

• Capacidades específicas em fermentação tradicional: Portugal tem pólos de excelência em produtos fermentados (vinho, queijo, presunto, sourdough) que constituem matrizes alimentares de interesse científico genuíno.
• Microbioma marinho e aquacultura: a posição atlântica do país e a investigação consolidada em CIIMAR, IPMA e outras instituições oferece ângulo diferenciador.
• Solos mediterrânicos sob stress climático: dados longitudinais sobre microbioma de solos sujeitos a seca e calor crescente são ativo estratégico para qualquer consórcio.

Em qualquer dos casos, o ângulo de entrada deve ser oferecer dados, infraestrutura ou capacidade analítica difícil de replicar, não posicionar-se como executor genérico.

Os três pilares onde a proposta se ganha ou perde

A avaliação Horizon Europe assenta em três critérios com peso igual (1,00 a 5,00 cada, threshold individual 3,0 e threshold cumulativo 10,0):

O que recomendamos

Este tópico é financeiramente atrativo (€5-6M por projeto, 100% de financiamento) mas tem barreira de entrada elevada. Em concreto:

Para entidades portuguesas que ainda não estão dentro de um consórcio, o tempo para liderar uma proposta competitiva acabou. A janela de oportunidade restante é entrar como work package leader numa proposta já estruturada, oferecendo capacidades especializadas (sequenciação, modelação, infraestrutura clínica para estudo humano, capacidade de campo agrícola).

Para entidades empresariais (PME do agroalimentar, foodtech, biotecnologia), o melhor encaixe é como parceiro de exploração: receber dados e modelos para validar produtos ou processos. A regra prática é não pedir um budget superior a 7-10% do total se a contribuição for primariamente aplicacional, sob pena de penalizar o critério Quality and Efficiency.

Erros frequentes que vemos em propostas Cluster 6 deste tipo: tratar a abordagem One Health como narrativa sem articulação metodológica concreta entre work packages; subestimar o esforço de gestão de dados (que para 2 milhões de amostras de microbioma é uma operação dedicada, não um anexo); apresentar plano de exploração genérico (que simplesmente lista tipos de outputs sem indicar quem usa o quê e quando). A recomendação prática é alocar pelo menos 8% do budget a um work package dedicado a Data Management e FAIR principles, com institutição com track record nesta área.

Por fim, vale notar o contexto regulatório: o Health Emergency Preparedness and Response Authority (HERA) e a EFSA têm sinalizado interesse crescente no microbioma como vector de monitorização de risco alimentar. Propostas que articulem ligação com estas agências como pathways de impacto regulatório posicionam-se melhor.